要维护大型鱼缸生态系统，首要的是明确自己的大型鱼缸缺少哪些关键元素，安置的元素之间的比例是否适当。缺少的元素越少，各元素的比例越接近自然条件，所需的维护工作也越少；反之，就要花费较多的力气了。
设置具有生化过滤器、底砂、大量水草、食藻虾和少量鱼只的“水草大型观赏鱼缸”这样的缸里，除了浮游生物外，似乎所有主要元素都齐备，那么是否除了喂食就没有事可做了呢？确实，这种水草生态大型观赏鱼缸的维护工作是较少的，但并不是说它就完备，其实这个系统各元素间的比例是严重失衡的--鱼只太少，代谢的废物很少，而水草、则相对过量，于是整个水体呈现“负营养化”，这对抑制藻类、促进鱼只健康大有好处，但对水草和而言就不是什么好事了，它们会因营养不良而趋于衰弱，如果不及时干涉，整个系统会由于水草的凋亡而瓦解，辛苦创造的水族美景就不复存在了。于是我们添加各种肥料，添加二氧化碳，添加硝化……另外，由于缺乏食草动物（这是我们避免引入水草大型观赏鱼缸的），水草的生长不受控制，就需要我们定期的修剪，去除枯叶烂叶，截短长得过长的茎干，调整生长密度……
鱼缸里面的水因为大量喂食、排析物和鱼身上的分秘物的产生，会有越来越多的有机物质积累，这些有机质废物会凝聚、附着在缸壁上，而大量的都悬浮在水中或沉于底砂上。由于水温高，有机物会加快腐败，导致混浊度增加，水质变坏，溶氧量明显降低，氨及硝酸盐大量增加，水会变得十分浑浊，鱼在这样的水中生活极易得病，甚到死亡。在鱼缸中建成一个生态过滤系统，进行有效的生态过滤，将有机质分解，就可以减少这些附着物的产生，不仅将水中的固体废物过滤清除，使水体变得十分清澈，水质稳定，还可以有效减少鱼病的发生。
有时候我们会看到水面上有一层薄薄的膜状物。鱼友们俗称为“油膜”，这也是水垢的一种，它实际是水中析出的蛋白类有机物质。解决这层油膜有多种方式：
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1、一般采用溢流方式过滤的大型鱼缸，都会在水面处开一个溢流口，直接将油膜导入过滤系统中过滤分解。
2、采用上滤、瀑布等方式过滤的小缸，可以在水面添加一个入水口，直接吸取油膜，动手能力不强的的话，水族店里和淘宝网上有成品，叫除油膜器。但这种除油膜器不建议使用在过滤桶上，因为其可能导致过滤桶内吸入大量空气，干扰水泵正常工作，甚至烧泵。
3、太小的缸，或没有条件添加除油膜硬件，可以放一些“黑玛莉”，这种上层鱼，总是在水面上找食物，同时吞食油膜。也可以定期用一个小杯子压入水中，杯口贴近水面，让水面的水溢流到杯中，手工清除油膜。